A estrutura administrativa da Secretaria de Estado de Saúde do Distrito Federal é composta por diversas unidades e setores institucionais. 

Dentre os principais estão o Gabinete, a Secretaria Adjunta de Assistência à Saúde – SAS, a Secretaria Adjunta de Gestão à Saúde – SAG, o Secretário Adjunto Executivo de Saúde, a Assessoria Jurídico-Legislativa – AJL, a Controladoria Setorial da Saúde – CONT e a Diretoria Executiva do Fundo de Saúde do Distrito Federal – FSDF.

Também fazem parte da Estrutura Administrativa as Assessorias e Coordenações Especiais de Apoio ao Gabinete, as Subsecretarias, as Superintendências Regionais de Saúde, as Unidades de Referência Distrital em Saúde e os Órgãos Vinculados.

As Assessorias e Coordenações Especiais são:

• Assessoria Especial (ASSESP)
• Assessoria de Comunicação (ASCOM)
• Assessoria de Gestão Estratégica e Projetos (AGEP)
• Assessoria de Gestão Participativa e Relações Institucionais (ARINS)
• Assessoria de Apoio à Documentação Administrativa (ASADM)
• Coordenação Especial de Tecnologia de Informação em Saúde (CTINF)
• Coordenação Especial de Gestão de Contratos de Serviços de Saúde (CGCSS)

São sete as Subsecretarias: 

• Subsecretaria de Atenção Integral à Saúde (SAIS)
• Subsecretaria de Administração Geral (SUAG)
• Subsecretaria de Planejamento em Saúde (SUPLANS)
• Subsecretaria de Infraestrutura em Saúde (SINFRA)
• Subsecretaria de Logística em Saúde (SULOG)
• Subsecretaria de Gestão de Pessoas (SUGEP)
• Subsecretaria de Vigilância à Saúde (SVS)

São sete as Superintendências: 

• Superintendência Central (SRSCE)
• Superintendência Centro-Sul (SRSCS)
• Superintendência Norte (SRSNO)
• Superintendência Sul (SRSSU)
• Superintendência Leste (SRSLE)
• Superintendência Oeste (SRSOE)
• Superintendência Sudoeste (SRSSO)

As Unidades de Referência Distrital, URD’s, são:

• Complexo Regulador em Saúde do Distrito Federal;
• Hospital de Apoio de Brasília – HAB;
• Hospital Materno Infantil Dr. Antonio Lisboa – HMIB;
• Hospital São Vicente de Paulo – HSVP;
• Hospital da Criança de Brasília José Alencar – HCB;
• Hospital de Base do Distrito Federal – HBDF;

Os Órgãos Vinculados à SES/DF são:

• Conselho de Saúde do Distrito Federal – CSDF;
• Fundação Hemocentro de Brasília – FHB;
• Fundação de Ensino e Pesquisa em Ciência da Saúde – FEPECS.

A atual estrutura administrativa da Secretaria de Saúde está disposta nos Decretos: 

Decreto 39.527 de Dezembro  de 2018, Altera a estrutura administrativa da Secretaria de Estado de Saúde do Distrito Federal, que especifica e dá outras providências. 

Decreto Nº 39.546, de 19 de Dezembro de 2018,  Aprova o Regimento Interno da Secretaria de Estado de Saúde do Distrito Federal